Атоммаш вносит существенный вклад в сохранение окружающей среды и обеспечение экологической безопасности Волгодонска. В частности, собственная котельная завода благодаря постоянному контролю и наладке режимов работы котлов последовательно снижает объемы газообразных отходов. Все они в обязательном порядке проходят систему улавливания, которая позволяет достигать эффективности очистки до 92%.
Кроме того, в 2022 году были закуплены и смонтированы на территории производственного корпуса новые фильтр-вентиляционные установки для очистки воздуха от сварочных аэрозолей. Активно реализуются программы по повышению энергоэффективности. Все экологические мероприятия реализуются при постоянном оперативном лабораторном контроле состояния атмосферы как Атоммаше, так и в его санитарно-защитной зоне.
В 2022 году Атоммаш занял третье место в номинации «Экопредприятие» Национальной экологической премии, которую ежегодно проводит медиагруппа «Комсомольская Правда».